Le collezioni della Pinacoteca di Brera sono il prodotto delle requisizioni delle leggi di soppressione di chiese e conventi nell'età napoleonica .
Trovano così spazio opere che diventano un vero e proprio simbolo della galleria: lo "Sposalizio della Vergine" di Raffaello; la "Madonna col Bambino"  di Gentile Bellini e la "Crocefissione" di Bramantino. 

Nel 1813, grazie ad un accordo col Museo del Louvre, sono giunti a Brera cinque dipinti di Rubens, Joardens, Van Dyck e Rembrandt per rappresentare la scuola fiamminga del XVII secolo.
Negli stessi anni giunsero da varie chiese gli affreschi di Bernardino Luini, Gaudenzio Ferrari, Vincenzo Foppa,Borgognone e Bramantino, dando origine, così, a una delle maggiori raccolte esistenti.

Dal 1815, con la Restaurazione, la crescita delle collezioni della Pinacoteca continuò con il famoso Cristo morto di Mantegnae la "Madonna del Roseto" di Luini.
Dal 1898 al giunsero in Pinacoteca importanti opere di Correggio, Pietro Longhi, Piazzetta, Tiepolo, Canaletto e Fattori, nonché la "Cena in Emmaus" di Caravaggio e "il Pergolato" di Silvestro Lega, acquistati grazie all'Associazione Amici di Brera e dei Musei milanesi.

Il museo fu poi restaurato e aprì i battenti a metà del 1950, assumendo un carattere di modernità; la Pinacoteca acquisì nuovi spazi estendendosi nell "appartamento dell'astronomo", con opere dei maggiori artisti italiani del primo Novecento, fra cui Boccioni, Braque, Carrà, De Pisis, Marino Marini, Modigliani e Morandi.

Negli anni ottanta viene studiato un nuovo assetto museografico per Brera, caratterizzato da materiali inediti e innovativi. La continua rielaborazione degli spazi espositivi e lo sforzo alla creazione di una galleria gioiello, ricolma di opere d'arte di vero valore, ha reso la Pinacoteca una delle più famose gallerie al mondo.